DNA in der Molekulardiagnostik nachgewiesen: lebendig oder tot?

Invasive Organismen stellen durch ihre Einschleppung über den weltweiten Handel mit lebenden Pflanzen oder Pflanzenteilen eine Bedrohung für die einheimischen europäischen Wälder dar. Die Analyse von Proben solcher gehandelten Pflanzen, zum Beispiel mit molekulardiagnostischen Verfahren, gibt Aufschluss über ihren Befallsstatus. Die üblichen Routinetests zeigen jedoch nicht an, ob die identifizierten Schädlinge lebendig oder tot sind. In diesem Projekt testen wir eine neue Methode der Sequenzierung von Oxford Nanopore Technologies (ONT), bei der ein trainiertes KI-Modell aus den Rohsequenzierungssignalen auf die Lebensfähigkeit des sequenzierten Materials schließt. Wir werden lebende und beschädigte/tote Kulturen verschiedener Pilzerreger sequenzieren, die wir regelmäßig in unserem Labor verwenden, und die Ergebnisse vergleichen, um zu verstehen, wie diese Technologie für die frühzeitige Erkennung und Überwachung von invasiven Erregern eingesetzt werden kann.