Das von BAFU und WSL 2011 gemeinsam lancierte Projekt «Wirkungskontrolle Biotopschutz Schweiz» geht der Frage nach, ob sich die Biotope von nationaler Bedeutung (Trockenwiesen und -weiden, Auen, Moore, Amphibienlaichgebiete) gemäss ihrer Schutzziele entwickeln und in ihrer Fläche und Qualität erhalten bleiben. Die Wirkungskontrolle – als Langzeitmonitoring aufgebaut – dient auch als Frühwarnsystem für Bund und Kantone. Mit ihrer Hilfe sollen nationale und regionale Entwicklungen früh genug erfasst werden, um notwendige Massnahmen rechtzeitig ergreifen zu können.
Die Biotope von nationaler Bedeutung sind ein zentraler Pfeiler des Schweizerischen Schutzgebietssystems. Sie umfassen die in den nationalen Inventaren aufgeführten Trockenwiesen und -weiden, Auen, Moore (Flachmoore und Hochmoore) und Amphibienlaichgebiete.