... a „Keep It Simple Species Migration model“ for R
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Qu'est-ce que KISSMig? ¶
KISSMig est un modèle simple, basé sur une grille, pour la modélisation dynamique de la répartition des espèces dans le langage de programmation R. En partant d'une distribution initiale, KISSMig génère des distributions d'espèces ultérieures de manière déterministe ou stochastique, selon les paramètres définis, dans des conditions environnementales constantes ou changeantes. Le nom fait référence au principe KISS et désigne un modèle simple et rapide à exécuter pour la modélisation dynamique de la répartition des espèces.
À quoi sert KISSMig? ¶
L'un des principaux objectifs de la macroécologie et de la biogéographie est de mieux comprendre la répartition des espèces. Dans ce contexte, les aspects dynamiques tels que la migration différée des espèces sont souvent négligés dans les prévisions et les simulations de la distribution passée, actuelle ou future des espèces. Or, les modèles qui prennent explicitement en compte une telle dynamique sont généralement complexes et nécessitent une grande puissance de calcul. KISSMig offre ici un moyen simple d'intégrer des aspects dynamiques tels que la migration limitée dans la modélisation de la distribution des espèces (Nobis & Normand 2014).
Utiliser KISSMig ¶
KISSMig est disponible directement dans R en tant que package ou peut être installé via le lien de téléchargement ci-dessous. KISSMig ne nécessite pas de connaissances préalables d'un taux de migration spécifique à une espèce, car celui-ci peut être optimisé en fonction de l'espèce étudiée et de la structure de l'analyse (Nobis & Normand 2014). Les seules données à saisir sont la distribution géographique initiale, une ou plusieurs cartes d'aptitude basées sur des données environnementales et le nombre d'étapes de dispersion simulées. KISSMig peut également être utilisé pour déterminer la distribution initiale probable d'une espèce - par exemple, les zones de refuges glaciaires (Nobis & Normand 2014). En tant que module supplémentaire des modèles statistiques de répartition des espèces (SDM), KISSMig sert à analyser la migration limitée des espèces dans le cadre du changement climatique (Subba et al. 2018, Liao et al. 2020). Le script R kissmig_examples.R fournit une introduction à l'utilisation de KISSMig.
Paléoclimat ¶
Les fichiers à télécharger ci-dessous contiennent des données paléoclimatiques avec une résolution temporelle de 1000 ans sur les 21 000 dernières années depuis la dernière glaciation, telles qu'elles ont été utilisées dans Nobis & Normand (2014). Après avoir décompressé les fichiers zip, la température moyenne annuelle et les précipitations moyennes annuelles peuvent être lues dans R à l'aide de la fonction stack du package raster.
- Paléoclimat - précipitations annuelles moyennes (zip, 5 Mo)
- Paléoclimat - température moyenne annuelle (zip, 5 Mo)
Entre-temps, CHELSA-TraCE21k (Karger et al. 2023)fournit des données paléoclimatiques beaucoup plus complètes et à plus haute résolution pour l'analyse des répartitions des espèces depuis la dernière glaciation à l'échelle mondiale.