Il progetto «Monitoraggio della protezione degli habitat in Svizzera», iniziato nel 2011 e condotto congiuntamente dall’UFAM e dal WSL, ha lo scopo di determinare se i biotopi d’importanza nazionale (praterie e pascoli secchi, zone alluvionali, paludi e siti di riproduzione degli anfibi) evolvono conformemente agli obiettivi della protezione, vale a dire il mantenimento della loro superficie e qualità. Il controllo degli effetti, concepito sul lungo termine, funge pure da sistema di allerta per la Svizzera e i suoi cantoni: esso deve individuare rapidamente le tendenze nazionali e regionali in modo che le misure necessarie possano essere adottate in tempo.
I biotopi d’importanza nazionale sono un pilastro centrale della rete di aree protette della Svizzera. Si tratta dei prati e pascoli secchi, delle zone golenali, delle paludi e torbiere alte e dei siti di riproduzione degli anfibi menzionati negli inventari nazionali.